Umbreon

A primeira vez que o emulador for executado ele criará uma unidade de alocação na memória, note que você precisa ter privilégios de administrador do sistema para fazer este processo.
Vá em Config-> Configure para acessar o menu geral.
Neste menu é possível escolher os plugins e Bios à serem utilizados. Escolha a bios no canto direito e use os demais menus para escolher os plugins.
Qual plugins devo usar?
O GSdx9 é um plugin de vídeo recomendado pelo desenvolvedor, o ZeroSPU2 é para o áudio, para o joystick recomenda-se o SSSPSX PAD e para o DVD o Linuzappz Iso CDVD.
Após terminar, ficará algo como:



Como configurar os Memory Cards?
Vá em Config-> Memcards e aponte o diretório onde estão os arquivos. Note que assim como no videogame eles devem ser formatados antes de serem utilizados pela primeira vez.
Como configurar a CPU?
Siga a imagem abaixo:





Dicas:
Certifique-se que todos os drivers de sua máquina assim como o DirectX estão em sua última versão.
Desative todos os processos que você não necessite antes de rodar o emulador.
Desfragmente o(s) disco(s) rígido(s).
Aumente a prioridade do processo do emulador(Gerenciador de Tarefas-> Processos-> Botão direito).
É isso aí amigos(as).., espero que o tutorial seja útil e aproveito a oportunidade para pedir que em caso de dúvidas ajudem uns aos outros porque meu tempo está muito curto.
Adicionado algumas vídeo-aulas: